En mi caso, y en el de varias empresas desarrolladoras, para realizar la nómina, primero calculabas todas las percepciones y con ello determinabas el gravado y el exento y sobre eso se calculaba el Isr. El Isr es una deducción. Pero resulta que nos inventaron para calcular el Isr el Crédito al Salario (después se llamo subsidio al empleo) el cual disminuía el Isr y si el crédito era mayor al impuesto, entonces la empresa tenía que darte la cantidad que quedaba a favor.
Nunca se especificó que ese dinero extra era una percepción, y menos existía el concepto que las deducciones eran gravadas y exentas. Es por ello que el crédito (subsidio) se introducía negativo, para restar el importe a las deducciones.
En las declaraciones te solicitaban las Percepciones gravadas y exentas y por separado el Isr y subsidio, nunca las deducciones gravadas y exentas.
Cuando solicitan la nómina CFDI, lo hacen con un tiempo muy breve y se tardan más en sacar los catálogos (11 de diciembre y en enero los cambian cuando se había hecho al menos una nómina semanal). Esos catálogos son los que indican que el subsidio debe ser una percepción exenta.
Con el tiempo tan corto, la forma más fácil para no modificar la programación era dejar el cálculo como se hacía, porque no solo implica el Xml, recibos, hoja de nómina. También los reportes mensuales, anuales, pólizas y etc, etc. También atender la demanda de clientes, capacitación, manuales, y todo esto en muy poco tiempo.
Ya que pase toda esta locura, tendremos que cambiarlo, y seguramente será para iniciar el próximo año ya que además de los reportes tendrías que rehacer tus acumulados.
Por supuesto este fue mi caso, pero también le ocurrió a la empresa de Carlos Slim con su producto Aspel Noi pueden ver la siguiente liga:
http://www2.aspel.com.mx/mx/foros.exe/M ... &s=0&idsa=
y el siguiente documento:
http://www.pcdelta.com.mx/alianzas/aspe ... _noi70.pdf