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Cada vez que hago una validacion ya sea en la pagina del SAT ó en el programa ValidaCFD 0.1C me menciona que:
"Validando un comprobante versión: 2 sin certificado incluido favor de indicar la ruta del certificado"
En la versión 2 es opcional incluirlo, en la versión 3 es obligatorio (la versión 3 iniciará hasta el 1/Ene/2011 para los que no estén facturando CFDs por propios medios ya desde el 2010). Si la incluyes en los CFDs que generes entonces será mucho más sencillo validarlos, pero te ocupará aproximadamente 1k adicional cada archivo XML, ya es decisión de cada quien si lo incluye o no (yo recomiendo que sí).
Ahora, el "meterle" un certificado a un XML ya generado... pues técnicamente si es posible y no le quita su validez al documento, tendrías que tener el certificado, convertirlo a un string en encode64 y adicionárselo al atributo que le corresponde dentro del XML. Pero si el validador te da la opción de indicarle la ruta y tienes el certificado entonces lo más fácil es simplemente darle la ubicación y podrá validar tu CFD.