Buenas tardes.. Bueno me contesto solo jejeje
La manera en que compruebo que la contraseña que se esta ingresando es la del archivo .KEY, es comprobando si se puede convertir el archivo .KEY a .PEM mediante la función exec de php, esta función recibe 3 parametros:
1o : Es el comando a ejecutar con openssl
2o : Un arreglo que cacha la salida de texto como resultado de la ejecución( si no devuelve nada el array queda vacio )
3o : Recoge el estatus de la ejecución del comando, openssl devuelve cero si se ejecuta y 1 si hay un error
Hay que tener cuidado de tener el dir de ejecución apuntando a la carpeta donde recide el openssl y las dll's( windows ), ya que en mi caso me daba error al poner el path relativo del exe del openssl en el 1er parametro( ej. exec( ../path openssl/pkcs8 ..., $arr, $estatus ) ), para moverte de dir los hacemos con chdir().
Esta es la 1a validación que se debe de hacer ya que sin la contraseña valida, no podemos comparar modulos para saber si es el par de certificados son correctos o para tratar de firmar la cadena ya que se utiliza el .KEY.PEM.
Como nota curiosa, los pasos anteriores hace dias que los habia realizado pero aun asi mi apache se colgaba y tenia que reiniciar, incluso estava viendo la manera de matar los procesos para ambiente linux ya que va ser el SO de producción, pero hayer intente de nuevo y anda bien....

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Ahorita ya me encuentro timbrando con FEL y haciendo pruebas con sus métodos, asi que, si alguien tiene alguna duda utilizando PHP, ps por aqui andaremos !!!!!!