http://social.msdn.microsoft.com/Forums ... fb4f4b3e8/encontre la siguiente tabla de equivalencias para UTF-8
á => á
À => À
ä => ä
é => é
è => è
É => É
ê => ê
æ => æ
í => Ã*
ó => ó
Ó => Ó
ö => ö
ú => ú
ü => ü
ñ => ñ
Ñ => Ñ
ç => ç
Y ya con eso concuerdo con jevangelina que no debes de hacer nada sobre ese caracter igual el RFC no puede tener una Ñ se usa el & como lo comentó dado y jevangelista.
La duda ahora seria ver si Ñ y Ñ generan el mismo sello para el CFD/CFDi. Y lo raro seria porque con tu XML el notepad te regresa Ñ y con el que puse de ejemplo regresa Ñ.