Tengo una factura que si pasa el validador del SAT pero falla "miserablemente"

Podría comodamente decir "pues ya pasó el validador del SAT y listo" pero me gustaría saber porque validacfd me dice que tengo errores.
El error en cuestión es este:
"Error al leer el certificado (Bad Base64 certificate encoding.)"
Yo lo que hago en mi implementación es leer el archivo del certificado a un arreglo de bytes y despues con una función incluida en .net llamada "Convert.ToBase64String" obtener la representación del certificado en base64.
Estimado DADO, pudieras decirme que puede estar mal o porque validacfd me manda ese error.
De antemano gracias por la ayuda.
Saludos cordiales.